Program Doktor Ilmu Ekonomi dibentuk pada Tahun 2015 berdasarkan SK KEMENDIKBUD-RI Nomor 461/E/O/2014. Pendirian Program Doktor Ilmu Ekonomi ini dimaksudkan untuk mendorong pengembangan keilmuan menuju pada peningkatan kecerdasan, kesejahteraan dan kemandirian bangsa (nation competitiveness).
Program Doktor Ilmu Ekonomi UNIB merupakan program doktor by research yang dalam penyelenggaraan pendidikannya mengutamakan kegiatan penelitian disertasi. Namun untuk menunjang kelancaran penulisan disertasi, mahasiswa program doktor wajib mengambil mata kuliah yang telah ditentukan yang dilaksanakan pada semester 1.
Program Doktor Ilmu Ekonomi (PDIE) memiliki tujuan untuk mengembangkan system pembelajaran berbasis riset dan praktik, mengembangkan kurikulum secara berkesinambungan yang berlandaskan pada perkembangan ilmu ekonomi, mengembangkan sistem jaminan mutu yang efektif, mengembangkan budaya akademik yang memberikan kesempatan bagi sivitas akademik untuk mengekspresikan jati diri sebagai ilmuwan, mengembangkan road map penelitian di bidang ilmu ekonomi, meningkatkan penelitian yang bersifat pengembangan ilmu maupun praktik, mengkomunikasikan hasil penelitian melalui desiminasi, forum ilmiah, dan jurnal penelitian di tingkat nasional dan internasional, mengembangkan kegiatan konsultasi kepada stakeholder